В предыдущей статье мы обсудили основу метода молекулярной динамики, в том числе вычисление энергии и сил взаимодействия между частицами с заданными парными потенциалами. А что, если частицы обладают некоторым электрическим зарядом? Например, в том случае, если мы моделируем…
Цель данной статьи – поднять вопросы распараллеливания кода программы для численного моделирования методом молекулярной динамики (МД) с помощью технологии CUDA. Зачем это вообще нужно, ведь уже существуют программные пакеты по МД, работающие в том числе и на CUDA? Дело в том, что я…
Проект aztotmd основан на классической молекулярной динамике и содержит основной функционал для классических расчётов, но также и ряд экспериментальных особенностей: непостоянное поле сил и излучательный термостат. Программа распараллелена с помощью технологии CUDA. Здесь…
CUDA А зачем? Пожалуй, сразу отвечу, для чего было придумано такое решение. Когда мы держали проект в виде OpenSource, то пытались сохранить политику «скачал код, собрал одной кнопкой», но с момента использования технологии CUDA ситуация стала сложнее… Большая часть комьюнити кричала, что ничего не собирается и устанавливать сторонние SDK они не хотят. Читать дальше →