Цель данной статьи – поднять вопросы распараллеливания кода программы для численного моделирования методом молекулярной динамики (МД) с помощью технологии CUDA. Зачем это вообще нужно, ведь уже существуют программные пакеты по МД, работающие в том числе и на CUDA? Дело в том, что я…
В предыдущей статье мы обсудили основу метода молекулярной динамики, в том числе вычисление энергии и сил взаимодействия между частицами с заданными парными потенциалами. А что, если частицы обладают некоторым электрическим зарядом? Например, в том случае, если мы моделируем…
Наверное, я очень опоздал с изучением CUDA. До недавнего времени даже не знал, что CUDA — это просто C++ с небольшими добавками. Если бы я знал, что изучение её пойдёт как по маслу, я бы столько не медлил. Но, если у вас есть багаж привычек C++ , то код на CUDA у вас будет получаться низкокачественным. Поэтому расскажу вам о некоторых уроках, изученных на практике — возможно, мой опыт поможет вам ускорить код. Читать далее
Проект aztotmd основан на классической молекулярной динамике и содержит основной функционал для классических расчётов, но также и ряд экспериментальных особенностей: непостоянное поле сил и излучательный термостат. Программа распараллелена с помощью технологии CUDA. Здесь…